Kľúčovým rozdielom medzi fermentáciou a dýchaním je, že fermentácia prebieha pri nedostatku kyslíka, zatiaľ čo dýchanie potrebuje kyslík.
Organizmus vyžaduje energiu na vykonávanie bunkových aktivít. Preto generujú energetické molekuly vo forme ATP. Používajú rôzne substráty a rozkladajú sa do rôznych foriem. Uvoľňovaná energia sa premieňa na energetické molekuly, ktoré môžu bunky využiť. Glukóza je primárnym substrátom mnohých organizmov. Fermentácia a dýchanie sú dva bunkové procesy, ktoré generujú energiu rozkladom glukózy v niekoľkých krokoch. Dýchanie je však účinnejšie a produkuje viac molekúl ATP ako fermentácia.
