Kľúčovým rozdielom medzi Pagetovou chorobou a ekzémom je, že Pagetovou chorobou je ohnisková porucha remodelácie kostí a ekzém je zápalové ochorenie kože charakterizované skupinami vezikulárnych lézií s rôznym stupňom exsudátov a škálovania.
Pagetova choroba sa vyskytuje z dôvodu mutácií v určitých génoch, ako je nukleárny faktor kappa B, sekvestozóm p62 a osteoprotegerín. Na druhej strane, ekzém sa vyskytuje v dôsledku reakcií z precitlivenosti vyvolaných proti rôznym alergénom. Tento rozdiel v patogenéze je hlavným rozdielom medzi týmito dvoma chorobami.