Kľúčový rozdiel medzi kyselinou fluorovodíkovou a kyselinou chlorovodíkovou je ten, že kyselina fluorovodíková je slabá kyselina, zatiaľ čo kyselina chlorovodíková je silná kyselina. Kyselina fluorovodíková je tiež schopná vytvárať vodíkové väzby, zatiaľ čo kyselina chlorovodíková nie je schopná vytvárať vodíkové väzby.
Ďalším dôležitým rozdielom medzi kyselinou fluorovodíkovou a kyselinou chlorovodíkovou je ich molekulárna štruktúra. Molekula kyseliny fluorovodíkovej má fluoridový ión, zatiaľ čo molekula kyseliny chlorovodíkovej má chloridový ión. Ďalej, kyselina fluorovodíková aj kyselina chlorovodíková sú donory protónov. Preto tieto molekuly kyselín môžu ionizovať vo vodných prostrediach a uvoľňovať protóny (H +). Tieto protóny spôsobujú kyslosť vo vodnom prostredí.
