Kľúčovým rozdielom medzi glyoxysómami a peroxizómami je, že glyoxysómy sú prítomné iba v rastlinných bunkách a vláknitých hubách, zatiaľ čo peroxizómy sú prítomné takmer vo všetkých eukaryotických bunkách. Glyoxysómy sú bohaté na rastlinné bunky klíčiacich semien, zatiaľ čo peroxizómy sú bohaté na pečeňové a obličkové bunky.
Tieto dve organely sú mikro telá prítomné v eukaryotických bunkách. Glyoxysómy sú špecializované peroxizómy, ktoré sa nachádzajú iba v rastlinných bunkách a vláknitých hubách. Peroxizómy sú organely, ktoré pomáhajú rozkladať dlhé reťazce mastných kyselín a detoxikovať bunku. Odbúravajú alkoholy a iné škodlivé zlúčeniny.
