Kľúčový rozdiel medzi acetyl CoA a acyl CoA spočíva v tom, že acetyl CoA (alebo acetyl koenzým A) pomáha pri metabolizme bielkovín, sacharidov a lipidov, zatiaľ čo acyl CoA (alebo acyl koenzým A) pomáha pri metabolizme mastných kyselín.
Acetyl CoA je veľmi užitočný pri dodávaní acetylovej skupiny do Krebsovho cyklu na výrobu energie. Acetylová skupina je funkčná skupina, ktorá má chemický vzorec -C (O) CH 3. Acylová skupina je tiež funkčná skupina s chemickým vzorcom –C (0) R, kde skupina R je bočný reťazec mastnej kyseliny. Je užitočný pri výrobe energie premenou na acetyl CoA.
