Kľúčovým rozdielom medzi UTR a intrónom je, že UTR je nekódujúca nukleotidová sekvencia, ktorá je zahrnutá v zrelej mRNA sekvencii, zatiaľ čo intrón je sekvencia, ktorá nie je zahrnutá v zrelej mRNA molekule.
UTR alebo neprekladaná oblasť je nekódujúca sekvencia, ktorá sa nachádza v molekule mRNA. Na každej strane sekvencie mRNA vidíme jednu UTR. Preto existujú dva UTR ako 5'UTR a 3'UTR. Naopak, intrón je nekódujúca sekvencia, ktorá sa nachádza medzi exónmi génu. Pri vytváraní mRNA sú intróny spojené. Introny teda nie sú v sekvencii mRNA viditeľné. UTR aj intrón sú však dôležitými prvkami eukaryotických genómov.
