Kľúčovým rozdielom medzi SM a boreliózou je, že borelióza je infekčné ochorenie, zatiaľ čo SM nie je zápalové ochorenie bez infekčného pôvodu. To znamená, že roztrúsená skleróza je chronické autoimunitné zápalové ochorenie sprostredkované T-bunkami ovplyvňujúce centrálny nervový systém. Lymskú boreliózu na druhej strane spôsobuje spirocheta s názvom Borrelia burgdoferi, ktorá sa do ľudského tela dostáva hryznutím vší alebo kliešťov.
Skleróza multiplex aj lymská borelióza sú choroby, ktoré môžu mať vplyv na náš neurologický systém.