Kľúčový rozdiel - Exome vs Transcriptome
Gén obsahuje kódujúce a nekódujúce oblasti. Kódujúce sekvencie sú známe ako exóny a nekódujúce sekvencie sú známe ako intróny. Nukleotidová sekvencia exónov génu predstavuje genetický kód génu na syntézu špecifického proteínu. Exóny teda zostávajú v molekule mRNA. Celková exónová oblasť genómu je známa ako exome a je dôležitou súčasťou genómu. Genetický kód génov sa prevádza na genetický kód molekuly mRNA, ktorý je potrebný na produkciu proteínu. Celá molekula mRNA transkribovaná v bunke alebo v bunkovej populácii naraz je známa ako transkriptom. Kľúčový rozdiel medzi exómom a transkriptómom je v tom, že exóm predstavuje sekvencie exónových oblastí genómu, zatiaľ čo transkriptóm predstavuje celkovú mRNA bunky alebo tkaniva v danom čase.
OBSAH
1. Prehľad a hlavný rozdiel
2. Čo je Exome
3. Čo je transkriptóm
4. Porovnanie vedľa seba - Exome vs transkriptom
5. Zhrnutie
Čo je Exome?
Gény sú zložené z exónov, intrónov a regulačných sekvencií. Exóny sú oblasti génov, ktoré sa transkribujú do sekvencie mRNA počas transkripcie. V priebehu transkripcie sú odstránené intróny a ďalšie nekódujúce oblasti. Nukleotidová sekvencia exónov určuje genetický kód génu, ktorý syntetizuje špecifický proteín, ktorý kóduje. Iba exóny zostávajú v mRNA proteínu. Zbierka exónov v genóme je známa ako exóm organizmu. Predstavuje časť genómu, ktorá je exprimovaná v génoch. U ľudí predstavuje exome 1% z genómu. Je to časť kódujúca proteín v ľudskom genóme.
Obrázok 01: Exome
Čo je transkriptóm?
Transkriptóm je súbor všetkých transkriptov kódujúcich a nekódujúcich proteíny (RNA) v danom tkanive. Transkriptóm predstavuje súbor celkových molekúl mRNA exprimovaných génmi v bunke alebo tkanive. Transkriptóm bunky sa môže meniť s transkriptomom iného typu bunky. Prepis je tiež dynamický - mení sa s časom v reakcii na vnútorné aj vonkajšie podnety. Aj v rovnakom tkanive alebo v rovnakom type buniek sa transkriptóm môže zmeniť po niekoľkých minútach.
Transkriptóm sa líši od exómu organizmu. Transkriptóm zahrnuje iba exprimované sekvencie exómu. Aj keď exóm bunky zostáva rovnaký, transkriptóm sa medzi bunkami líši, pretože génová expresia nie je rovnaká pre všetky bunky alebo tkanivá. V rôznych bunkách a tkanivách sú exprimované iba základné gény. Génová expresia je proces špecifický pre tkanivo alebo bunkový typ. Je regulovaná rôznymi faktormi vrátane faktorov prostredia. Preto sa transkriptom môže líšiť v závislosti od vonkajších podmienok prostredia.
Transkriptóm sa používa ako predchodca pre proteomické štúdie. Všetky proteíny sú odvodené od mRNA sekvencií. Translačné úpravy môžu mať za následok zmeny v proteínoch. Transkriptóm však poskytuje dôležité základné informácie pre proteomické štúdie.
Obrázok 02: Transkriptóm embryonálnych kmeňových buniek
Aký je rozdiel medzi Exome a Transcriptome?
Rozdielny článok v strede pred tabuľkou
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome je súbor oblastí kódujúcich proteíny génov. | Transkriptóm je zhromaždenie všetkej transkribovanej RNA vrátane mRNA. |
| Ukážka | |
| Exome sa študuje pomocou vzorky DNA. | Transkriptóm sa študuje pomocou vzorky RNA. |
| Študijná metóda | |
| Sekvenovanie celého exome je metóda štúdia exome. | Sekvenovanie RNA je metóda štúdia transkriptomu. |
Zhrnutie - Exome vs Transcriptome
Exóny sú kódujúce sekvencie génov a určujú sekvencie mRNA proteínov. Zbierka týchto kódujúcich sekvencií (exónov) je známa ako exóm organizmu. Gény sa transkribujú do molekúl mRNA pred tvorbou proteínov. Celkové molekuly mRNA bunky alebo tkaniva v ktoromkoľvek danom čase sú známe ako transkriptom. Transkriptóm predstavuje gény, ktoré sa v danom okamihu aktívne exprimujú v mRNA. Transkriptóm je špecifický pre bunky a tkanivá a ovplyvňuje podmienky životného prostredia. To je rozdiel medzi exómom a transkriptomom.
