Kľúčovým rozdielom medzi pruhovaním chromozómov a maľovaním chromozómov je, že pruhovanie chromozómov je technikou farbenia, ktorá zobrazuje oblasti chromozómov v rozlíšiteľných tmavých a svetlých pásoch, ale maľovanie chromozómov je hybridizačnou technikou, pri ktorej sú špecifické oblasti alebo segmenty chromozómov maľované sekvenčne špecifickými fluorescenčne značené sondy.
V cytogenetike je potrebné produkovať viditeľný karyotyp organizmu, aby bolo možné identifikovať chromozómy a ich aberácie. Páskovanie chromozómov a maľovanie chromozómov sú dve cytogenetické techniky, ktoré pomáhajú pri vizualizácii chromozómov. Obidve techniky sú užitočné pri identifikácii genetických porúch.
