Kľúčový rozdiel medzi alelou a genotypom spočíva v tom, že alela je jednou z variantných foriem génu nachádzajúcich sa na rovnakom genetickom mieste chromozómu, zatiaľ čo genotyp predstavuje genetickú konštitúciu konkrétneho znaku.
Genetika je štúdium génov a dedičných vzorcov v organizmoch. Chromozómy sú štruktúry, ktoré obsahujú genetickú informáciu organizmu. Preto u eukaryotov existuje v genóme špecifický počet chromozómov. Každý chromozóm má tisíce génov, ktoré sú špecifickými oblasťami chromozómov. Gény sú vlastne štruktúrne jednotky v genetike, ktoré uchovávajú genetickú informáciu na produkciu proteínov. Každý gén má dve kópie pochádzajúce od každého rodiča.
Alela je podobne variantom génu alebo formou génu. Každý gén má navyše dve formy alel, ktoré určujú charakteristiku kódovanú génom. Genotyp je teda genetická výbava organizmu, ktorá je určená distribúciou alel v rôznych génoch.
