Kľúčový rozdiel medzi CFC a HCFC spočíva v tom, že CFC obsahuje iba atómy uhlíka, fluóru a chlóru, zatiaľ čo HCFC obsahuje atómy vodíka, uhlíka, fluóru a chlóru. Dôležitejšie je, že CFC spôsobuje vážne poškodzovanie ozónu, ale HCFC má porovnateľne oveľa menší vplyv na ozónovú vrstvu.
Chemické štruktúry CFC aj HCFC navzájom súvisia podľa chemických prvkov prítomných v týchto štruktúrach. Pokiaľ však ide o chemickú štruktúru, rozdiel medzi CFC a HCFC spočíva v tom, že CFC nemá atóm vodíka, zatiaľ čo HCFC obsahuje atóm vodíka. CFC je známy ako prispievateľ k poškodzovaniu ozónu. Preto je to škodlivá látka. HCFC je dobrou náhradou za túto škodlivú látku.
