Kľúčový rozdiel medzi fagolyzozómom a fagozómom spočíva v tom, že fagolyzozóm je cytoplazmatické teliesko, ktoré vzniká spojením fagozómu s lyzozómom. Medzitým je fagozóm vezikul tvorený okolo častíc pohltených fagocytárnou bunkou počas fagocytózy.
Fagocytóza je obranný mechanizmus používaný v určitých bunkách alebo organizmoch na odstránenie cudzích častíc z tela. Fagocyty sú bunky, ktoré uskutočňujú fagocytózu. Fagocyty sú typy bielych krviniek, najmä neutrofily, monocyty a makrofágy prítomné v krvi. Tieto bunky chránia telo detekciou cudzích častíc, ako sú baktérie, toxíny, mŕtve a umierajúce somatické bunky atď. Fagocyty ich potom pohltia a zničia. Fagocytóza je druh endocytózy. Fagocytózou sa pevné častice internalizujú do štruktúry nazývanej fagozóm. Akonáhle sú uväznené vo vnútri fagozómu, fúzujú s lyzozómami a vytvárajú fagolyzozómy. Potom sa pomocou enzýmov lyzozómhydrolázy degradujú a zničia častice vo vnútri fagozómu.
