Kľúčový rozdiel medzi tiokyanátom a izotiokyanátom je v tom, že tiokyanát je funkčná skupina, v ktorej je alkylová alebo arylová skupina pripojená cez atóm síry, zatiaľ čo izotiokyanát je väzbovým izomérom tiokyanátu, v ktorom je alkylová alebo arylová skupina pripojená cez atóm dusíka.
Tiokyanát a izotiokyanát sú funkčné skupiny obsahujúce atómy uhlíka, dusíka a síry. Tieto funkčné skupiny majú rovnakú väzbu atómov. To znamená, že atóm uhlíka je v strede, zatiaľ čo atómy dusíka a síry sú pripojené k jeho bokom. Chemická väzba medzi týmito atómami sa však navzájom líši.