Kľúčový rozdiel medzi maltózou a izomaltózou je v tom, že maltóza má dve glukózové jednotky spojené navzájom prostredníctvom väzby alfa 1-4, zatiaľ čo izomaltóza má dve glukózové jednotky spojené navzájom prostredníctvom väzby alfa 1-6.
Maltóza je disacharid. Znamená to, že má dve cukrové jednotky spojené navzájom. V prípade maltózy a izomaltózy je jednotkou cukru molekula glukózy. Preto sa tieto dve formy disacharidov navzájom líšia podľa chemickej väzby medzi dvoma glukózovými jednotkami. Obe tieto formy cukru však redukujú cukry.
