Kľúčový rozdiel medzi plastochinónom a plastocyanínom spočíva v tom, že plastochinón je lipofilná nosičová molekula, ktorá prenáša elektróny na plastocyanín prostredníctvom proteínového komplexu cytochrómu b6f. Ale plastocyanín je malý vo vode rozpustný proteín modrej medi, ktorý prijíma pár elektrónov z komplexu cytochrómu b 6 f a odovzdáva ho fotosystému I v tylakoidnom priestore.
Fotosyntéza má dva typy reakcií: reakcie závislé od svetla a reakcie nezávislé od svetla. Tieto dva typy fotosystémov zohrávajú dôležitú úlohu pri reakciách závislých od svetla. Sú to fotosystémy I a II. Fotosystémy sú veľké komplexy bielkovín a pigmentov alebo molekúl absorbujúcich svetlo. Zachytávajú energiu zo slnečného žiarenia. P700 je reakčné centrum fotosystému I, zatiaľ čo P680 je reakčné centrum fotosystému II. Každý fotosystém absorbuje svetlo a produkuje ATP pomocou fotofosforylácie. Vyrábajú tiež NADPH. Na svetelne závislých reakciách sa podieľa niekoľko typov akceptorov elektrónov. Plastochinón a plastokyanín sú dva typy molekúl zapojených do reťazca transportu elektrónov.
